Bên cạnh những thuận lợi, ngành sản xuất tôm còn bộc lộ một số khó khăn: Nguồn tôm giống chưa chủ động, phải nhập từ ngoài vùng, quản lý chất lượng giống chưa tốt khi tình trạng giống trôi nổi đang liên tục diễn ra. Năng lực khoa học công nghệ trong thủy sản nói chung và tôm nước lợ nói riêng còn yếu. Tốc độ phát triển nuôi tôm nước lợ trong thời gian qua nhanh nhưng chủ yếu theo chiều rộng, với sự tăng trưởng nhanh của sản lượng, phát triển chất lượng theo chiều sâu còn hạn chế. Phát triển khoa học công nghệ vẫn chậm, thiếu đồng bộ trong nghiên cứu, ứng dụng khoa học công nghệ và chuyển giao tiến bộ kỹ thuật trong các vấn đề về giống tôm sạch bệnh, chất lượng giống bố mẹ, giống hậu bị, nghiên cứu dinh dưỡng, sản xuất thức ăn, nghiên cứu bệnh, thuốc kháng sinh, các biện pháp phòng ngừa dịch bệnh. Nguyên liệu sản xuất thuốc, thức ăn phụ thuộc nhập khẩu, khó kiểm soát giá cả, chất lượng thức ăn là nguyên nhân chính tác động đến hiệu quả kinh tế của người nuôi. Hạ tầng thủy lợi chưa hoàn thiện, hệ thống kênh cấp, kênh thoát chưa đáp ứng nhu cầu nên gây khó khăn cho công tác sản xuất và kiểm soát dịch bệnh.
Khu vực ven biển từ Vũng Tàu đến Trà Vinh hiện nay có rất ít các nghiên cứu về chất lượng môi trường và đặc biệt là chất lượng môi trường phục vụ cho nuôi trồng thủy hải sản (lấy nước và tiêu thoát) dưới tác động của các nguồn xả thải từ các khu công nghiệp, thị trấn, thành phố ra. Ngoài ra, chưa có những đánh giá chi tiết về hiện trạng hạ tầng kỹ thuật (kênh rạch, công trình thủy lợi,...) trong việc điều tiết, lấy nước mặn và tiêu thoát nước mặn phục vụ cho nuôi trồng thủy hải sản của vùng ven biển một cách bền vững và hiệu quả.
Với những tồn tại, những vấn đề còn bỏ ngỏ thì có thể khẳng định rằng việc triển khai thực hiện đề tài “Nghiên cứu giải pháp thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản, giảm thiểu ô nhiễm môi trường vùng ven biển từ Vũng Tàu - Trà Vinh” là hết sức cấp thiết. Đề tài thực hiện sẽ có được bộ cơ sở dữ liệu nền phục vụ cho việc phát triển ngành nuôi trồng thủy hải sản khu vực ven biển nói riêng và quy hoạch phát triển kinh tế xã hội, bảo vệ môi trường cho khu vực này nói chung. Đề tài do Cơ quan chủ trì là Viện Khoa học Thủy Lợi Việt Nam cùng phối hợp PGS.TS Lương Văn Thanh thực hiện.
Vùng ven biển từ Bà Rịa - Vũng Tàu đến Trà Vinh là một trong những vùng có rất nhiều lợi thế và tiềm năng trong phát triển kinh tế xã hội, ngành nuôi trồng thủy sản, mà cụ thể là nuôi tôm nước lợ. Tuy đây là vùng đất có nhiều tiềm năng nhưng vấn đề khai thác và sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên đất (nước) còn chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển và khai thác tổng hợp cho vùng này.
Gần đây, trong các ngành kinh tế chính ở vùng nghiên cứu thì NTTS được xem là một trong những ngành kinh tế mũi nhọn do vùng có nhiều lợi thế phát triển và thực tế NTTS đã đóng góp một phần không nhỏ trong cơ cấu kinh tế của các tỉnh trong vùng. Đồng thời NTTS đã giải quyết việc làm cho hàng chục ngàn lao động dôi dư ở các vùng nông thôn, vùng ven biển.
Trên cơ sở các mục tiêu và nội dung đã đề ra trong đề cương được phê duyệt, Viện Kỹ Thuật Biển đã thực hiện đúng theo tiến độ đề ra. Báo cáo tổng kết đề tài là tổng hợp các yếu tố tổng quan về tự nhiên, dân sinh, kinh tế - xã hội của vùng nghiên cứu; Tình hình chung về NTTS trên thế giới và Việt Nam; Hiện trạng NTTS vùng, các vấn đề về môi trường, chế độ thủy văn dòng chảy, các giải pháp hạ tầng kỹ thuật (cấp, thoát nước, xử lý môi trường), xây dựng bản đồ thích nghi và thiết kế mô hình mẫu đại diện cho vùng nghiên cứu, đề tài đã đạt được các kết quả đề ra như sau: Đánh giá thực trạng nuôi trồng thủy sản khu vực ven biển từ Bà Rịa - Vũng Tàu đến Trà Vinh trong những năm qua và định hướng quy hoạch phát triển ngành thủy sản cho các khu vực ven biển.
Đánh giá thực trạng chất lượng môi trường nước trên một số kênh rạch, trong ao nuôi, khu vực cửa sông ven biển để làm cơ sở đánh giá sự thay đổi môi trường nước trước khi cấp, sau khi cấp cho thủy sản. Từ kết quả cho thấy, chất lượng nước có dấu hiệu bị ô nhiễm chất hữu cơ, độ mặn trong nước khá cao. Đặc biệt tình trạng lan truyền ô nhiễm từ phía Bà Rịa - Vũng Tàu có xu thế lan truyền xuống khu vực ven biển của các tỉnh vùng dưới.
Đánh giá chất lượng môi trường trầm tích trong các ao nuôi thủy sản vùng ven biển. Qua kết quả phản ánh chất lượng môi trường trầm tích bị ảnh hưởng của các chất hữu cơ dưới tác động của các chất từ nguồn thức ăn thừa trong quá trình nuôi.
Đánh giá chế độ thủy văn dòng chảy và diễn biến lan truyền chất, khả năng cấp, thoát nước trong vùng bằng mô hình thủy lực MIKE11 và MIKE21. Qua kết quả phản ánh được khả năng cấp và thoát nước, lan truyền ô nhiễm trong nội đồng và ngoài khu vực ven biển. Khu vực Bà Rịa - Vũng Tàu và thành phố Hồ Chí Minh (Cần giờ) thiếu nguồn nước bổ sung vào giai đoạn mùa khô. Ngoài ra, kết quả làm cơ sở cho việc lấy nguồn nước mặn từ biển phục vụ nuôi tôm trong từng giai đoạn và mùa trong năm.
Nghiên cứu và đề xuất các giải pháp thủy lợi phục vụ nuôi thủy sản (cấp, thoát và xử lý môi trường) cho khu vực nghiên cứu nhằm phát triển ổn định và bền vững ngành nuôi thủy sản khu vực ven biển của vùng nghiên cứu.
Xây dựng bản đồ thích nghi cho nuôi thủy sản, mà cụ thể là nuôi tôm nước lợ khu vực ven biển vùng nghiên cứu. Kết quả góp phần định hướng quy hoạch phát triển nghề nuôi thủy sản cho các tỉnh nói riêng và cho toàn khu vực nghiên cứu nói chung một cách hiệu quả và bền vững với tài nguyên, môi trường, sinh thái.
Nghiên cứu, tính toán và thiết kế mô hình thử nghiệm nuôi tôm nước lợ đại diện và điển hình cho khu vực nghiên cứu. Mô hình sau khi nghiên cứu và tính toán được áp dụng ra ngoài thực địa đáp ứng yêu cầu của người dân, đảm bảo các yêu cầu về cấp, thoát nước, bảo vệ và xử lý môi trường cho khu vực vùng ven biển.
Bằng cách tiếp cận toàn diện và hệ thống cùng với phương pháp nghiên cứu hợp lý trong đó coi trọng phương pháp khảo sát thực địa, tham vấn cộng đồng, phương pháp chuyên gia, mô hình toán, xây dựng và chập bản đồ. Trên cơ sở đó, đề tài khẳng định các kết luận nghiên cứu của đề tài đảm bảo tính khoa học, có độ tin cậy và tính thực tiễn cao. Mô hình nghiên cứu thử nghiệm có khả năng được đưa ra nhân rộng cho các địa phương.