Khảo sát cấu trúc đám hình thành khi gắn kết urê lên các bazơ nitơ trong chuỗi DNA bằng phương pháp hồi phục bán lượng tử.

Đề tài do các tác giả Nguyễn Hữu Thọ, Đặng Ứng Vận (Trung tâm ứng dụng tin trong hóa học, Đại học quốc gia Hà Nội) thực hiện nhằm tìm hiểu cấu trúc đám, khoảng cách liên kết hiđro trong đám khi urê gắn kết lên nhóm bazơ nitơ khảo sát.

Khảo sát sự gắn kết urê lên các bazơ nitơ trong DNA bằng phương pháp tính hồi phục động lực phân tử bán lượng tử. Đề tài cho thấy, phân tử urê có khả năng gắn kết với một số nhóm bazơ niơ trong chuỗi DNA. Tuy nhiên, khả năng gắn kết không cao. Urê có khả năng tạo liên kết hiđro cặp với bazơ nitơ của DNA , vị trí các nguyên tử tạo liên kết hiđro trùng với vị trí tạo liên kết hiđro trong chuỗi xoắn kép. Urê gắn kết lên DNA chịu ảnh hưởng của nhiều yếu tố không gian, phân tử urê luôn ở vị trí xa nhất so với nguyên tử H thay thế.
Quá trình gắn kết tạo nên một trạngt hái cân bằng “Urê- DNA”. Liên kết Rc=o đạt giá trị ổn định chỉ khi trong đám có tồn tại liên kết hidro, những đám không tạo được liên kết hiđro thì cấu trúc phân tử urê bị biến dạng.
Đề tài khẳng định, độ dài liên kết hidro được tính bằng cấu trúc đám hình thành hoàn toàn phù hợp. Khi DNA hình thành chuỗi xoắn kép, vị trí nguyên tử hình thành liên kết hidro của hai mạch DNA khi tạo chuỗi xoắn kép trùng với các vị trí urê gắn kết lên nhóm bazơ nitơ đó. Vì vậy phương pháp tính cũng như cấu trúc đám hình thành là đáng tin cậy.